电影从真实世界开始的,人类城市正在遭受巨大的毁灭性打击,在尘土飞扬中出现了一条黑线,黑色的线慢慢变近,然后出现另外一条,然后是第三条线,这三条线穿过电子章鱼,穿过人类成长的地方,穿过了那些正在拼命挖地的大型机器,最后停在一个很大的看起来象外星人呆的城市。

    但这都是一个梦,尼奥在醒来,发现自己在一个地铁的躺椅上。火车通过的隆隆声唤醒了他。他看到火车进站,一个看起来很脏很龌龊的流浪汉模样的人下了车,他让尼奥上车了,火车离开了车站。这个流浪汉告诉尼奥,他在这里很安全。

    他告诉尼奥,那个法国人,是很早以前的一个程序,他被设计出来学习人类的罪恶感,罪恶感也是机器认为第一代matrix彻底失败的原因。设计师给了人类完美的世界,但在这个世界里,人类用他们天生的寻求自由的精神来抵制和破坏这个完美的世界。法国人想用消灭一切寻求自由的行为的方法来解决完美和自由意愿之间的不协调性。设计师就设计了另外一个程序来找出一个不需要消除人类自由意愿的解决方案。这个程序在研究了人类的历史后发现,自由意愿一直都是人类的一种假相,人类从来没有真正自由过...

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