肝移植研究所：成立于2001年底，由国内著名肝移植专家沈中阳教授担任中心主任。先后完成各种手术共计876 例，手术成功率为100％。

　　　　　
眼眶研究所：2002年5月18日武警部队眼眶病研究所正式成立了！诊治眼眶病的水平代表了国内最高水平，国外先进水平。

　　　　　
肿瘤中心：武警总医院肿瘤中心在全军著名肿瘤专家王迎选主任的领导下，目前已形成了以肿瘤综合治疗为特色的医学专科中心。

　　　　　
口腔科：是武警部队的医学专科中心，在颌面整形、颌面创伤和口腔修复外科以及心血管病拔牙等领域达到军内领先水平。

　　　　　
纳米医学研究所：武警部队纳米医学研究所于2003年7月18日在武警总医院正式成立，为国内首家纳米医学研究所。纪小龙教授任所长。

　　　　　
心脏病研究所：武警部队心脏病研究所成立于2005年，为医院的优势学科联合体，包括心血管内科、心血管外科等，形成了整体技术优势，部分技术领域达到国内先进水平。

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